Как вы правильно поняли, при подключении как минимум двух инструментов напрямую к луп станции происходит конфликт частот. Чтобы этого не происходило, между инструментом (включая и микрофон) и луп-станцией необходим блок обработки. Если для одновременной записи вы используете два и более инструмента, соответственно необходимо во первых выровнять динамику двух инструментов, с этим может справится самый простой микшер. Во вторых необходимо использовать эквалайзер, компрессор и может ревербацию, все остальные эффекты и обработки на вкус. Если брать процессор эффектов который использует Dub FX, то там есть и эквалайзер и компрессор, поэтому каждый его эффект сохранен на отдельный паттерн, и при выборе этого паттерна включаются все заранее предустановленные настройки. После чего каждый записанный луп звучит правильно с точки зрения звукорежиссуры.
Аналогичная ситуация у других музыкантов использующих аналогичные цепочки. Все они юзают аппаратуру где есть эквалайзеры и компрессоры.
Если на полуакустической гитаре есть темброблок, то его можно подстроить таким образом, что при записи будет хорошо слышно и гитару и битбокс и вокал.
Вся обработка должна быть до луп станции.